Compõem o núcleo gestor da FASEB o Conselho Curador, o Conselho Instituidor, o Conselho Colaborador, o Conselho Fiscal e o Conselho Diretor. Os dois últimos são eleitos pelo Conselho Curador para um mandato de quatro anos. Para o mesmo período, o Conselho Instituidor elege os membros do Conselho Curador.
O Conselho Instituidor é o órgão máximo de decisão da Fundação. Os conselhos Curador e Diretor exercem as funções legislativa e executiva, respectivamente.
Estão subordinadas ao Conselho Diretor a Secretaria Executiva, a Coordenação Administrativa e Financeira e a Assessoria de Comunicação Social.
A FASEB se reporta legalmente ao Ministério Público do Estado do Rio de Janeiro através da Provedoria das Fundações.

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